בשלב הזה, לאור ההצלחות של צה"ל, ביקשה ממשלת מצרים להיכנס למו"מ על שביתת-נשק וב- 7.1 הסכימה ישראל להפסקת-אש והממשלה הורתה למפקד חזית הדרום לפנות את כל כוחות צה"ל שפעלו באזור רפיח - עד ל- 9.1.49 .
בליל 8.1.49 יצא כוח ג'יפים מגדוד 10 לחבל במסילת-הברזל שבין רפיח לאל-עריש. הכוח כלל מחלקת ג'יפים, בפיקוד ניסן לויתן, ומחלקת סיירים, עליה פיקד עמוס קרסניצקי. מחלקת הג'יפים התמקמה כחסימה לצד הכביש, והסיירים נעו רגלית עם מטען חומר-הנפץ, עד שהגיעו למסילה, הכין אותה לפיצוץ ופוצץ אותה בעת שעברה שם רכבת בדרכה למצרים.
- הוצאה פקודה לפנות מיד את המשלטים שנתפסו ממערב לגבול. את הפעולה יש לסיים עד 10.1.49 בשעה 06.00.
בן-גוריון הורה לבטל את ה"טריז" מדרום לרפיח (ב-10.1.49) ובעקבות כך נסוג הגדוד הרביעי מהמיתחם שכבש. בכך הסתיימו פעולות המלחמה בחזית המצרית במלחמת העצמאות.
כאשר נודע על הפקודה שנתן בן-גוריון לסיים את המבצע ולסגת, טס יגאל אלון לת"א כדי לנסות ולהשפיע על ההנהגה המדינית שלא להחמיץ את ההזדמנות להשתלט על שטח חשוב - אך נכשל: אף על פי שמשה שרת תמך בו, סירב בן-גוריון לשנות את ההחלטה.